مرکز تحقیقات بیماری‌های اتوایمیون دانشگاه علوم پزشکی کاشان براساس رای صادره در دویست و چهل و پنجمین جلسه شورای گسترش دانشگاه‌های علوم پزشکی در تاریخ ۹۳/۱۲/۱۶ تاسیس شد.
مرکز برآن است تا دانشی فراهم آورد تا برمبنای آن اثر بخشی نظام سلامت بیماران اتوایمیون را تضمین کند.